Los hechos que han llevado a la puesta en marcha del Aula Arqueológica se remontan a 1868, cuando un agricultor vecino de Aguilafuente, mientras realizaba unos labores agrícolas, descubrió de manera casual los cimientos de un antiguo edificio en ruinas sobre un montículo del paraje de Santa Lucia. 

El lugar ya era conocido desde tiempo atrás como una zona de indicios arqueológicos porque entre los habitantes de Aguilafuente circulaba en el siglo XIX una tradición oral que señalaba la existencia de una ermita bajo la advocación de Santa Lucía (que da nombre al topónimo). Recientes investigaciones del cronista oficial de Aguilafuente, Juan Jesús Díez Sanz, han demostrado desde tiempos medievales la existencia constatada en dicho solar de una ermita, llamada, al menos desde el siglo XVI San Mamés y, sin que aun se sepa el motivo, cambiada posteriormente de nombre en el siglo XVIII, concretamente por el que ha llegado hasta nuestros días: Santa Lucia.

Volviendo a los restos encontrados, entre los cimientos del edificio también apareció un conjunto de mosaicos que parecían remontarse al periodo romano. La calidad artística de aquellos restos de decoración musiva hallados a unos dos kilómetros de la villa llevo a analizar objetivamente la importancia de los mismos y a preparar la puesta en marcha de un proceso de excavación sistemática para sacarlos a la luz en su totalidad. No en vano desde el ultimo tercio del siglo XIX la ciencia arqueológica comenzaba a ser una disciplina en auge en nuestro país, al igual que ocurría en otros países de Europa, con especial énfasis en Francia y Gran Bretaña.  
De ese modo se organizó un proyecto de excavación para este yacimiento, proyecto que finalmente no pudo llevarse a cabo ante la falta de medios y, sobre todo, debido al estallido de la revolución de 1868 ("La Gloriosa"), que derrocó a la reina Isabel II e inició un periodo de incertidumbre en España, con lo cual se volvieron a ocultar los restos descubiertos y durante muchos años se siguieron desarrollando labores agrícolas en dicho paraje. Sin embargo, el hecho no cayó en el olvido ya que alguien dejó cumplida nota de todo lo ocurrido en aquel agitado año, se trataba de don Carlos de Lecea, por aquel entonces miembro de la Real Academia de la Historia. En una de las reuniones de dicha institución se dejaba constancia de los hallazgos, concretamente en un informe leído el 7 de junio de 1868 ante sus colegas en el cual destacaba el descubrimiento de manera fortuita de "dos preciosos mosaicos de grandes dimensiones" en la villa segoviana de Aguilafuente. Este informe leído en Madrid por Pedro Sabau ha llegado hasta nuestros días gracias a que el cronista de Segovia, don Carlos de Lecea y García lo incluyó en su obra de 1915 "Miscelánea Biográfico-Literaria y variedades segovianas".  
En el año 1950 se celebró en Segovia la III Exposición anual de Arte Antiguo en el edificio que hoy en día alberga la Biblioteca Pública. Se trataba de un certamen temporal en el que se exhibían los últimos hallazgos arqueológicos de la provincia desde la creación en 1941 de la Comisaría Provincial de Excavaciones, dirigida desde sus inicios por Antonio Molinero.

Aguilafuente aportó a dicha exposición varias piezas halladas en su término municipal, en concreto un hacha pulimentada de época neolítica donada por Ricardo García Sebastián y, junto a ello, fragmentos de cerámica tosca y teselas de mosaico provenientes del yacimiento romano de Santa Lucía, conocido desde el siglo XIX. Con ello quedaba una vez más demostrada la importancia arqueológica de dicho lugar.

En 1968, justo cien años después de aquellos singulares sucesos, y con el objetivo de volver a encontrar los restos de aquel edificio y sus mosaicos basándose en los documentos enumerados anteriormente, se creó el Grupo de Rescate n° 349. Esta iniciativa era una más de las promovidas por el programa de TVE y RNE Misión Rescate  en los años sesenta, con el objetivo de recuperar parte del patrimonio arqueológico español tomando como soporte a la propia población local. El grupo de Aguilafuente, organizado por el maestro don José Martín Pascual, tuvo que indagar y excavar en los lugares aproximados donde se pensaba que estaba situado el edificio descubierto y posteriormente enterrado en el ultimo tercio del siglo XIX. En un breve periodo de tiempo se dieron con los restos del mosaico del que se hablaba justo cien años antes. Sin embargo a medida que se incrementaba la prospección se dieron cuenta de que allí había mucho más de lo que un grupo escolar de rescate podía imaginar ya que poco a poco se fueron exhumando restos de un edificio de mayores proporciones.

Ante estos nuevos condicionantes la Dirección General de Bellas Artes toma cartas en el asunto encargándose de las tareas de excavación y rescate. La dirección facultativa de la excavación se encomienda a personal cualificado, en concreto a los arqueólogos Rosario Lucas y Vicente Viñas. Por su parte el grupo de rescate de Aguilafuente, gracias a este hallazgo, es premiado por el programa de TVE con el Trofeo de Oro a nivel nacional en 1968, galardón entregado en la propia localidad por el entonces Ministro de Información y Turismo Manuel Fraga Iribarne.

A través de diferentes campañas estivales desarrolladas en el paraje de Santa Lucia entre 1968 y 1972 se fue desentrañando lo que se consideró como una villa rustica romana, en especial toda la pars urbana  o parte domestica utilizada por el dominus o señor de la villa y su familia: se trataba de una villa bajoimperial del siglo IV.

También se pudo comprobar que, aprovechando el antiguo recinto romano, poblaciones visigodas utilizaron la villa como necrópolis. Así aparecieron hallazgos del siglo VI entre los que destacan 198 enterramientos que incluían ricos ajuares funerarios a base de fíbulas, broches, hebillas de cinturón, cuchillos domésticos.

Junto a ello, en la parte de nordeste del yacimiento se desenterró parte de un edificio de tipología constructiva religiosa que podía remontarse a la Edad Media, seguramente los restos de la ermita de Santa Lucia, confirmando la hipótesis previa acerca del nombre del paraje.

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